1960
Pete Rozelle es elegido comisionado de la NFL. Nace de nuevo una liga competidora llamada otra vez American Football League (AFL) con serias aspiraciones de desbancar a la NFL como la mejor liga profesional. Se llega a un acuerdo verbal entre las dos ligas para no iniciar una guerra por los mejores jugadores, pero la realidad será muy distinta. Durante los próximos 4 años la AFL interpondrá demandas ante los tribunales contra la NFL por intentar monopolizar los contratos televisivos y de jugadores. La NFL se expandió a 13 equipos con la adición de los Vaqueros de Dallas. Además, los Cardenales se mudan de Chicago a San Louis. 

1961
 La NFL se expandió a 14 equipos con la adición de los Vikingos de Minnesota, después de que los dueños del equipo se negaron a ser miembros fundadores de la nueva AFL. El calendario también se amplió de 12 partidos por equipo a 14 partidos por equipo. Los Vikingos fueron colocados en la Conferencia del Oeste, y los Vaqueros de Dallas pasaron de la Conferencia del Oeste al Este.

1962
La CBS firmó un contrato con la liga para televisar los partidos de temporada regular por una cuota anual de 4,65 millones dólares.

1965
Las encuestas revelan que por primera vez en la historia el fútbol americano es el deporte más popular entre el público norteamericano muy por encima del baseball. La guerra de la NFL con la AFL comenzó a aumentar a medida que las dos ligas compitieron por los mejores jugadores que egresan de la universidad. Esta guerra entre la AFL y la NFL se intensificaría hasta justo antes de la temporada de 1966, cuando estaría de acuerdo en fusionar y crear un juego de Campeonato del Mundo entre los ganadores de las dos ligas.

1966
La liga se expandió a 15 equipos con la adición de los Halcones de Atlanta, con lo que un número impar de equipos obliga a un descanzo obligado a cada equipo. Esta fue la última temporada de la NFL que acababa de dos divisiones, en la que el campeón de la Conferencia de instalación se dirigió directamente al juego de campeonato de la NFL.

1967
La liga se expandió a 16 equipos con la adición de los Santos de Nueva Orleans. La NFL divide cada conferencia en dos divisiones. La Eastern Conference queda dividida en Capitol Division y Century Division y la Western Conference en Coastal Division y Central Division. Además, se decide una vez finalizada la liga regular, celebrar un partido de playoff en cada conferencia entre los campeones de cada división.

1969
Para honrar 50a temporada de la NFL, un logotipo especial de aniversario que fue diseñado y cada jugador llevaba un parche en sus camisetas con este logo en toda la temporada. La AFL decide incorporar el formato de Playoofs entre los dos primeros clasificados de cada división al igual que la NFL. Por primera vez un equipo de la AFL conquista el SB cuando los Jets de Nueva York vence 16-7 a los Potros de Indianapolis.