1940
Por tercera vez nace otra liga profesional, y al igual que las anteriores también se llama American Football League.(AFL)

         

Yaks de Boston      Carneros de Cleveland

1941
Elmer Layden es escogido como el primer comisionado en la historia de la NFL. Se decide celebrar un partido de playoff en caso de empate en la cabeza de las divisiones, así como celebrar una prórroga a muerte súbita en caso de empate en un partido de playoff. La AFL desaparece.

1943
 Sammy Baugh gana la triple corona en 1943, líder en la liga en pases, patadas e intercepciones.



1944
Arch Ward, editor deportivo del Chicago Tribune, el 4 de junio de 1944 , reunió a un número de ricos aficionados al fútbol profesional, algunos de los cuales habían tratado de comprar franquicias de la NFL. Ward había alentado a la NFL para ampliar el número de equipos, pero ahora la esperanza de lograr una segunda liga permanente y un juego de campeonato contra la NFL, similar a la serie Mundial de Beisbol.

El 21 de noviembre, la AAFC eligió Jim Crowley, como su comisario. Durante los próximos meses, los planes de la AAFC se solidificaron. La liga expidió inicialmente una concesión a Buffalo, Chicago, Cleveland, Los Ángeles, Nueva York y San Francisco. Brooklyn y Miami, se añadieron más tarde. Un grupo que representa Baltimore fue considerado para la admisión, pero no pudo conseguir un estadio. La liga planea empezar a jugar en 1945, pero aplaza su apertura por un año como la Segunda Guerra Mundial todavía hacía estragos.
  

1946
Por primera vez la NFL adquiere la apariencia de un verdadero campeonato nacional al establecerse una franquicia (los Carneros) en Los Ángeles.
En el primer partido de la AAFC, el 6 de septiembre, los Browns de Cleveland recivieron a los Seahawks de Miami, ganando 44-0 ante una multitud récord en favor de más de 60.000 aficionados.

 En gran medida gracias a las innovaciones Paul Brown en la organización y entrenamiento, los Browns estaban en camino de establecer un nuevo estándar de excelencia de fútbol profesional.

Otros equipos que tienen problemas importantes, pero los Seahawks se convertiría en el mayor fiasco de la AAFC. viendo dos partidos aplazados por los huracanes, nunca atrajo a más de 10.000 aficionados, terminó último lugar, acumulando mas 80.000 dólares en deudas, y fueron expulsados de la liga después de la temporada.
La calificación, sin embargo, fue la primera señal del mayor problema de la AAFC. La liga tendría una gran diferencia entre sus mejores y peores equipos. Además de Nueva York, todos los equipos de calidad se encontraban en la división occidental. En el Oeste, Cleveland llevó con un récord 12-2, tres juegos por delante de San Francisco, seguido de Los Ángeles y Chicago. Brooklyn y Buffalo fueron siete juegos detrás, seguido de Miami. A pesar del historial de Brooklyn, su corredor de Glenn Dobbs lideró la liga en pases y fue nombrado el Jugador Más Valioso. A pesar del fracaso en Miami, la AAFC había disfrutado de un exitoso debut, el establecimiento de un alto nivel de juego. La NFL asimismo estableció marcas de asistencia para la temporada y tanto su partido por el título. Sin embargo, los salarios se dispararon con dos ligas luchando por los jugadores.
                                                       
New York Yankees                      Brooklyn  Dodgers                       Buffalo Bisons                    Miami Seahawks

                                                                   
Cleveland Browns             Chicago Rockets                                  Los Ángeles Dons                                 San Francisco 49´s        

                         1948
Cleveland ganó el título en la AAFC, con la temporada perfecta (segunda en el fútbol profesional después de 1937 de Los Angeles Bulldogs de la segunda American Football League). Desde entonces, sólo en 1972 los Miami Dolphins, el equipo consiguió ganar su campeonato de liga con un récord impecable.
                                
                     Yaks de Boston                               Osos de Chicago            Cardenales de chicago  
                             
Chicago Hornets                  Potros de Baltimore                   Los Angeles Dons  
1949
El 9 de diciembre de 1949, dos días antes del juego por el título AAFC, las dos ligas han hecho la paz. Tres equipos AAFC fueron admitidos en la NFL: los Cleveland Browns, los San Francisco 49ers, y Baltimore Colts. La liga ampliada pasó a llamarse Nacional-American Football League.